A terceira temporada se passa três meses depois do episódio final da segunda temporada, com a suspensão de Emily do FBI acabando, enquanto ela faz tudo o que pode para cuidar da melhor maneira possível de seu filho Flynn. No entanto, a vida calma acaba quando um dos casos criminais de Nick Durand (Patrick Heusinger) os coloca em perigo novamente. O caso leva Emily para longe de Boston e apresenta um desafio maior do que nunca.